Vise à étudier les structures et les mécanismes de fonctionnement du vivant ; elle fournit les connaissances de base qui vont permettre ensuite des applications thérapeutiques et préventives.

En se basant sur les résultats issus de la recherche fondamentale, vise à finaliser de nouvelles stratégies thérapeutiques et préventives, en testant leur efficacité et leurs effets indésirables, afin d’améliorer la prise en charge de la maladie et la prévention de l’infection.

Il existe des réservoirs de VIH inactifs « archivés » au sein de certaines cellules infectées (notamment des lymphocytes CD4 dits « mémoires »). Le virus est ainsi à l’abri des traitements et des défenses naturelles qui pourraient l’éliminer. Ces réservoirs libèrent de faibles quantités de virus, qui, en cas d’arrêt du traitement, recommencent à se répliquer très rapidement. Les réservoirs constituent un obstacle majeur à l’éradication du virus de l’organisme et à la guérison de l’infection par le VIH.

Phénomène par lequel un agent pathogène survit et échappe à l’action de certains médicaments, alors que ceux-ci devraient normalement les détruire ou empêcher leur multiplication. Dans le cas du VIH, la résistance à certains antirétroviraux est due à l’apparition de mutations sélectionnées lors d’une multiplication virale résiduelle liée à une mauvaise observance. Un médicament anti-VIH a une « faible barrière génétique » s’il suffit de peu de variations génétiques (mutations) pour que le VIH résiste à ses effets